河流生態

東涌河不曾被大規模渠道化及填土，亦僅受輕度污染，因此大部分河段保留了天然面貌。位處不同高度的支流和河段，與河口、潮間帶、海草床、樹林等生境互相連接，形成了完整的河流系統，在本地絕無僅有，生態價值非常高。漁農自然護理署已將其河段劃為「具重要生態價值河溪」。

鳳凰山山嶺北面的高地河谷生長了很多原生植物，包括稀有的馬蹄荷、木蘭、木蓮及八角屬植物，早在1980年已列為「具特殊科學價值地點」。陡峭的上游河道聚集了不少大石，形成複雜的微生境，吸引各式各樣的魚類、蝦蟹和蜻蜓棲息，近東涌道的河段更曾發現數種不常見的兩棲類，包括短腳角蟾(Megophrys brachykolos)、盧氏小樹蛙(Liuixalus romeri) 及香港瘰螈(Paramesotriton hongkongensis)。

由於截流至石壁水塘，部分河段水流較少，水生生物亦不多。然而，在水量充沛的區域，仍有不少魚類棲息，更可找到本港罕見的菲律賓枝牙鰕虎魚(Stiphodon atropurpureus)與稀有的北江光唇魚(Acrossocheilus beijiangensis)，亦常見各種蜻蜓和豆娘穿梭其中，包括了較不常見的海南環尾春蜓(Lamelligomphus hainanensis) 及廣東彎尾春蜓(Melligomphus guangdongensis)等。

雖然部分河段已被渠道化，但仍有不少水流緩慢的深潭，適合魚類棲息，位於芳園的淡水沼澤更曾錄得罕見的弓背青鱂(Oryzias curvinotus)和叉尾鬥魚(Macropodus opercularis)。附近的田地亦可找到許多蜻蜓物種，包括短腹異蜻(Aethriamanta brevipennis)、六斑曲緣蜻(Palpopleura sexmaculata)、華斜痣蜻(Tramea virginia)及碧偉蜓(Anax parthenope)等。多種鳥類亦常見於此部分河段一帶的田野間，包括有紅耳鵯(Pycnonotus jocosus)、鵲鴝(Copsychus saularis)、褐翅鴉鵑(Centropus sinensis)等。

東涌河河口是香港難得僅存的天然河口，並有一大片紅樹林與泥灘，提供複雜的微生境，是多種海岸生物的育幼、覓食和棲息之所，孕育了多種蟹類和貝類，亦可找到有「活化石」之稱的鱟。近岸水域更是海龍和多種具商業價值魚類的繁殖和育幼場，對漁業十分重要。此外，河口一帶亦可找到世界自然保護聯盟列為「易危」的斑灰蜻(Orthetrum poecilops)。