東涌河谷的興衰可謂與農業息息相關。由於河流帶來源源不絕的肥沃沉積物,早在明朝已有人在東涌谷種田。及至清政府時曾一度頒下遷界令,驅趕沿海居民,及後遷界令撤銷,有不少客家農民於是返回東涌谷重新開墾土地,當時盛產水稻和蒜蔥。直至一九五零年代,河流上游納入為石壁水塘集水區,灌溉用水隨即大幅減少,水稻耕種大受影響,河谷的農地亦開始減少。一九六零年代起,香港經濟轉型,農業息微,農民逐漸棄耕,河谷的農地面積亦進一步萎縮,直至一九九零年代,東涌谷只餘小量稻田。時至今日,東涌河谷一帶的餘下農田差不多已經全數荒廢,只剩下小量果園和菜田。
儘管農村風貌不再,中上游河谷大部分地方尚未被城市發展取代,依然人煙稀少,只有山徑可達,環境清幽,於是吸引了許多宗教團體在此興建寺廟及進行靜修,其中較為人所熟悉的有羅漢寺。羅漢寺原為石門甲的一個天然岩洞,法號暢緣的老和尚在內潛心修行,後來多位居士有感該處地靈人傑,便在岩洞旁建造羅漢寺,供信眾參拜。除了羅漢寺,河谷內尚有不少寺廟,大部分集中在位處山腰的地塘仔。