東涌河位於大嶼山東涌新市鎮西南面,是香港僅餘的天然河流,由河源、河口至海灣,皆未受破壞,僅下游石榴埔至黃家圍,以及與東涌道相交的河段因防洪工程被渠道化。
東涌河由東、西兩河匯聚而成,河盆面積達11平方公里,以別名「曹溪」的西河為幹流,源自鳳凰山鳳峰與凰峰之間;人稱「鳳大北坑」的東河則為主要支流,發源於大東山山頂以西。東、西兩河流經石門甲、莫家、芳園、石榴埔等村落,最後於河谷末處的牛凹和黃家圍之間匯合,再流入面積達80公頃的東涌灣。
東涌河是香港少數水質良好的河流,是石壁水塘其中一條主要供水河流。根據2022年環保署的化驗結果,每100毫升河水平均只含580顆大腸桿菌,屬「極佳」評級。此外,東涌河擁有極高的生態價值,曾紀錄多種原生淡水魚,當中包括稀有的北江光唇魚。河口則是一大片天然紅樹林和泥灘,多種珍貴生物棲息其中。對出的東涌灣是鱟(馬蹄蟹)、海馬、海龍,以及多種具商業價值魚類的繁殖和育幼水域。