東涌河位於大嶼山東涌新市鎮西南面，是香港僅餘的天然河流，由河源、河口至海灣，皆未受破壞，僅下游石榴埔至黃家圍，以及與東涌道相交的河段因防洪工程被渠道化。
東涌河由東西兩河匯聚而成，河盆面積達11平方公里，以別名「曹溪」的西河為幹流，源自鳳凰山鳳峰與凰峰之間；人稱「鳳大北坑」的東河則為主要支流，發源於大東山山頂以西。東西兩河流經石門甲、莫家、芳園、石榴埔等村落，最後於河谷未處的牛凹和黃家圍之間匯合，再流入面積達80公頃的東涌灣。
東涌河是香港少數水質良好的河流，是石壁水塘其中一條主要供水河流。根據2019年環保署的化驗結果，每100毫升河水平均只含760顆大腸桿菌，屬「極佳」評級。此外，東涌河擁有極高的生態價值，曾紀錄多種原生淡水魚，當中包括稀有的北江光唇魚。河口則是一大片天然紅樹林和泥灘，多種珍貴生物棲息其中。對出的東涌灣是鱟（馬蹄蟹）、海馬、海龍，以及多種具商業價值魚類的繁殖和育幼水域。
在東涌新市鎮擴展計劃下，東涌東正進行填海工程，以開拓約130公頃土地，而東涌西發展範圍正與東涌河下游河段重疊，雖然東涌西不作任何填海，但其發展亦令人關注工程對東涌河水質和生態的影響。
此外，當局將在東涌河進行防洪工程，河道兩旁會築起「防洪堰」，一方面減低水浸風險，另一方面可隔開河岸範圍減少人為干擾。此外，亦會避免在東涌河天然河段的河床施工，以保存河流的天然面貌。
未來於東涌新市鎮擴展部分，更會設立全港首個「河畔公園」，並復修已被渠道化的東涌河河段，連同部分天然河段，將一併劃為河畔公園，集康樂、生態保育和防洪多項功能，並提倡親水文化。
